Από το 2022 στη ομάδα της Σαπφώ λειτουργούν τμήματα υποδομών για κορίτσια και αγόρια που απαριθμούν συνολικά έως σήμερα 70 αθλητές κι αθλήτριες στις κατηγορίες , Κ6, Κ8, Κ10, Κ12 και Κ14.

Η έναρξη της νέας ποδοσφαιρικής χρονιάς έγινε την 1η Σεπτεμβρίου 2025. Για κάθε τμήμα διεξάγονται εβδομαδιαία τρεις προπονήσεις στις εγκαταστάσεις της ομάδας. Ακόμη, τα τμήματα υποδομών λαμβάνουν μέρος σε αντίστοιχα πρωταθλήματα της ΕΠΣ Λέσβου, έχοντας την ευκαιρία τα νεαρά παιδιά να αποκομίσουν τις πρώτες και ταυτόχρονα πολύτιμες εμπειρίες μέσα από το γήπεδο. 

Την ορθή εκγύμναση, τακτική και τεχνική κατάρτιση των νεαρών αθλητών κι αθλητριών επιβλέπει ένα ολοκληρωμένο τεχνικό επιτελείο, που απαρτίζεται από διπλωματούχους προπονητές και γυμναστές. Επιπλέον, στο πνεύμα αυτό παρέχεται γενικότερα όσον το δυνατόν καλύτερη φροντίδα, βλέποντας ολιστικά την λειτουργία όλων των τμημάτων, με συμβουλευτική σε θέματα υγείας και διατροφής από ειδικούς, με τους οποίους υπάρχει συνεργασία από τις πρώτες ημέρες της ίδρυσης του σωματείου. Οι αθλήτριες και οι αθλητές παρακολουθούνται επίσης από καρδιολόγο, διατροφολόγο, ορθοπεδικούς, φυσιοθεραπευτές όλο τον χρόνο και τους παρέχεται κάθε δυνατή ιατροφαρμακευτική κάλυψη σε περίπτωση τραυματισμού.

Κατά καιρούς η διοίκηση έχει διοργανώσει πολιτιστικές δράσεις, συμμετέχοντας σε προγράμματα της ΕΠΟ, στη διοργάνωση της UEFA FOUNDATION for Children και σε διάφορες εκδηλώσεις με κοινωνικό χαρακτήρα. Επιπροσθέτως, η ακαδημία είχε ενταχθεί στο δίκτυο ακαδημιών του ΟΠΑΠ, προσφέροντας στα παιδιά προπονητικές κατευθύνσεις με βάση τα διεθνή πρότυπα.

Έχοντας ως προτεραιότητα στον οργανισμό της Σαπφώ την καλλιέργεια και διάδοση του αθλήματος όχι μόνο στο νησί μας αλλά ευρύτερα στην Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου, από το φθινόπωρο του 2019 μέλη της διοίκησης ίδρυσαν ακαδημία στην Λήμνο, η οποία στη συνέχεια μετουσιώθηκε -ανεξαρτητοποιημένη- σε γυναικεία ομάδα ποδοσφαίρου την ΑΕ Λήμνου, η οποία λαμβάνει μέρος πλέον ανελλιπώς στο πρωτάθλημα της Γ Εθνικής Γυναικών.